Cuál es el error en el mapa genético usado en la medicina que preocupa a los expertos

Cada vez que un médico solicita un análisis genético , el resultado depende de una comparación: la secuencia del paciente se coteja con un genoma de referencia, una suerte de plantilla estándar que los programas informáticos utilizan para detectar variantes.

Lo que pocos saben es que esa plantilla, denominada GRCh38 y aceptada internacionalmente, no representa un promedio estadístico de la humanidad.

Cerca del 70% de su contenido proviene del material genético de un único hombre anónimo de Buffalo , en el estado de Nueva York.

El problema que eso genera ya no es solo teórico y podría condicionar el futuro de la medicina preventiva .

Un equipo de la Universidad Semmelweis , en Budapest, examinó los genomas completos de 20 adultos sanos y descubrió que los programas de análisis automatizado clasificaron variantes genéticas normales como graves alteraciones funcionales en el 100% de los casos .

El error no provenía de los participantes ni de una falla del programa en sí mismo, sino de la referencia contra la cual se comparaban sus datos: en determinados puntos del genoma, la plantilla GRCh38 contiene alelos minoritarios, versiones de un gen que son extremadamente raras en la población general.

Cuando el programa detecta que el paciente porta la versión común y sana, la interpreta como una desviación y dispara una alarma falsa.

Los hallazgos se describen en un estudio publicado en la revista GeroScience , donde los investigadores advierten que esta vulnerabilidad estructural podría convertirse en un obstáculo crítico si la medicina preventiva avanza, como se espera, hacia el cribado genómico a gran escala.

“Si el mapa no ofrece una imagen integral de la diversidad genética humana, entonces, sin supervisión experta y confiando únicamente en ciertos datos automatizados, podríamos confundir rasgos sanos con defectos ”, afirmó Gyula Richárd Nagy , genetista clínico y profesor asociado del Departamento de Obstetricia y Ginecología de la Universidad Semmelweis, según el comunicado de prensa de la institución.

La referencia contiene variantes raras que los programas interpretan al revés El estudio identificó tres genes concretos donde la referencia GRCh38 induce errores sistemáticos.

Los investigadores describen dos mecanismos que denominan “efecto espejo” y “paradoja del pseudogén”.

El efecto espejo se produce cuando la referencia contiene una inserción minoritaria, esto es, un fragmento de ADN adicional que la mayoría de la población no porta.

Al comparar la secuencia de un paciente sano con esa plantilla, el proceso automatizado que coteja ambas secuencias introduce un hueco artificial para forzar la correspondencia y clasifica el resultado como una pérdida de material genético inexistente.